书接上文，貌似配置还有点问题。跑了半天以后迟迟看不到结果，htop一看CPU占用几乎为0，应该是没跑起来，squeue 再一看，状态是PD，意思是等待，正常情况应该是R。于是我有网上找了下原因，说只有空闲条件满足job的运行条件才会运行。
我做了以下操作：
- 先
scancle掉所有队列里的人物 - 修改
slurm.config的参数稍大一些 - 重新启动
sudo systemctl restart slurmd & sudo systemctl restart slurmctld - 更改
bash metaGEM.sh -t fastp -j 2 -c 2 -m 10 -h 2中m(内存)的大小和j(任务数量)的大小 - 运行报错
1 | sbatch: error: Memory specification can not be satisfied |
再排查一下scontrol show nodes
我们熟悉的报错又回来了（状态又是drain）
查了好久好久在sudo cat /var/log/slurm-llnl/slurmctld.log 里面找到了错误
就是NodeName那一行的配置Sockets和CoresPerSocket不仅要小于上一章讲的bash cxc.sh 的文件中的值，还要小于日志文件中数字前面的值，如(20<Sockets_CoresPerSocket) 那么Sockets_CoresPerSocket的积要小于20才可以。
如果日志长这样那么八成就可以启动了
然后我们输入，改变节点的状态成空闲(注意一定要是sudo权限)
1 | sudo scontrol update NodeName=your_node_name State=idle |
1.问题:成功运行程序但是瞬间完成，并无输出结果
排查！
在/var/log/slurm-llnl/slurmctld.log 里面显示
1 | [2024-01-29T15:37:19.292] sched: Allocate JobId=73 NodeList=your_computer #CPUs=8 Partition=your_computer |
再排查/var/log/slurm-llnl/slurmd.log
无法创建输出文件
这属于slurm的BUG之一，只能先创建文件然后再创建文件夹 所以我们是能手动mkdir log 然后再运行
2.运行时日志文件中报错/usr/bin/bash: line 2: activate: No such file or directory
猜测是这里面envs/metagem 的工作路径有变化，所以我们改成绝对路径试一下
1 | set +u;source activate envs/metagem;set -u; |
如何更改，提交给slurm处理的脚本是由snakemake生成的，因此我们找到这一句
1 | source activate {config[envs][metagem]} |
发现读取的config是config.ymal文件
应该在config.yaml文件里改这里，改成绝对路径
原来不是这个问题（服了）
当使用source activate env_name时，设置conda路径到环境变量即可
1 | export PATH="/home/gc/anaconda3/bin:$PATH" |
另外再shell脚本中启用conda环境一定要使用source不能使用conda。
成功运行（泪目）！！！
成功运行（泪目）！！
成功运行（泪目）！
成功运行（泪目
成功运行（泪
成功运行（
成功运行
成功运
成功
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